A escola estabeleceu-se em Dois Irmãos a pedido do Pároco Pe. Augusto Lohmann e do povo, os quais desejavam ter uma escola dirigida por religiosas. Em 22 de março de 1900, seguiram para a Vila São Miguel (Baumschneis), as Irmãs Madre Maria Sebastiana de São Miguel, como superiora, Irmã Maria Rita da Conceição, Irmã Maria Irene do Doce Nome de Jesus e Irmã Francisca das Dores, para administrarem a nova escola. Assim, no dia 4 de junho de 1900, iniciaram as aulas com 40 alunas. Foram ministradas aulas de Ensino Religioso, Língua Portuguesa e Língua Alemã. Além disso, aprendiam trabalho de agulha, confecção de flores, pintura, música e teatro. Com o passar do tempo, o número de alunos foi crescendo e, para melhor atender a comunidade, em 1951 foi criado o Jardim de Infância. Em 1964, começou a funcionar o Ginásio, Ensino de 1º Grau. Em 1978, foi unificado com o nome de Escola Imaculada Conceição – 1º Grau. Com a nova lei de ensino, foi denominada Escola de Ensino Fundamental Imaculada Conceição. Em 2003, com a criação do Ensino Médio, a Escola passou a chamar-se Colégio Imaculada Conceição.